Bisher wurde die Art nur in ungestörtem Primärwald nachgewiesen. Ranitomeya deflrei lebte dort syntop mit R. ventrimaculata, Ameerega trivittata und A. hahneli.
TWOMEY & BROWN (2009) berichten vom unberührten Regenwald in der Nähe der Biologischen Station Caparú. Der typische Tieflandregenwald besteht aus vielen großen Bäumen, die nur wenig Licht auf den Boden gelangen lassen, so dass der Unterwuchs relativ spärlich ist. Die Baumschicht an der Stelle, an der die Art nachgewiesen wurde bestand aus Bäumen der Familien Fabaceae (Hülsenfrüchtler), Moraceae (Feigen), Euphorbiaceae (Wolfsmilchgewächse) und Arecaceae (Palmen) (DEFLER & DEFLER 1996 zitiert in TWOMEY & BROWN 2009). Der Unterwuchs setzt sich hauptsächlich aus großen Palmen und Baumsämlingen zusammen, während der Boden mit einer dicken nassen Laubschicht bedeckt ist. Die meisten Äste und Stämme im Unterholz sind mit Moos bedeckt. Nur an den Bäumen konnten Bestände von schlanken stacheligen Bromelien gefunden werden. Die kleinen Bromelien hatten nur eine Größe von etwa 20 cm bei einem Durchmesser von ca. 15 cm enthielten aber eine für die Frösche ausreichende Menge an Wasser. (TWOMEY & BROWN 2008).

Das Klima im Bereich Fundorte von R. deflerei ist vergleichbar mit dem tropischen Klima von Laeticia. Caparú hat eine mittlere Jahrestemperatur von 25,1° C. Der mittlere Jahresniederschlag im Gebiet des Río Apaporis beträgt 3836 mm. Im Jahresverlauf gibt es kaum saisonelle Schwankungen der Niederschläge. Der trockenste Monat ist, verglichen mit der durchschnittlichen monatlichen Niederschlagsmenge von 319 mm, der September mit nur 258 mm (sensu DEFLER & DEFLER 1996 zitiert in TWOMEY & BROWN 2009).